Восстановление учета НДС, а затем освобождение от НДС по статье 145 НК РФ

Добрый день!

Помогите, пожалуйста, разобраться в запутанной ситуации:

Бюджетное учреждение сдает в аренду ИП нежилое помещение и получает за это ежемесячно арендную плату 20 000 руб.

Изначально в 2011-м году пункт договора о передаче в аренду недвижимого имущества, являющегося государственной собственностью области, закрепленного за организацией на праве оперативного управления, касательно расчетов гласил: "Ежемесячные платежи за пользование гос-м имуществом области подлежат оплате в рублях в сумме, эквивалентной величине  ежемесячной арендной платы с НДС. Сумма арендной платы в рублях составляет ... руб. в месяц, НДС, начисленный на сумму арендной платы ..... руб. "Арендатор" перечисляет сумму арендной платы без НДС в Комитет по управлению гос-м имуществом области. "Арендатор" самостоятельно исчисляет сумму НДС и перечисляет его в федеральный бюджет в соответствии с действующим законодательством".

В 2012-м году было заключено доп. соглашение, по которому пункт договора касательно оплаты заменить словами:
"Сумма арендной платы в рублях составляет .... руб. в месяц, в том числе НДС, начисленный на сумму арендной платы .... руб. "Арендатор" перечисляет сумму арендной платы без НДС в ГБУ"...

В 2014-м году заключено 2-е доп. соглашение, по которому пункт относительно оплаты изложить в следующей редакции:
"Сумма арендной платы в рублях составляет 20 000 руб. в месяц. "Арендатор" перечисляет сумму арендной платы в ГБУ"... Т.е. про НДС ни слова.

Подскажите, пожалуйста, как правильно в данной ситуации исчислять НДС - "накручивать" сверху или в том числе? Арендатором является ИП на УСН, поэтому ему совершенно не принципиально - включен ли НДС в арендную плату или нет. А как правильно поступить для бюджетного учреждения? Тем более при таком объеме выручки - 60 000 руб. за 3 месяца планирую подать в налоговую уведомление об освобождении от НДС по ст.145. Только вот в сложившейся ситуации вопрос: какую выручку показывать в выписках из баланса и из книги продаж? 60 000 руб. - в том числе НДС или же 60 000 руб без НДС, а НДС "накручивать" сверху?

И если арендная составляет 20 000 руб. в месяц - после уведомления налоговой об освобождении от НДС она так и останется 20 000 рублей, только дополнится фразой "Без НДС"?